微生物组学的基本概念
微生物组是指特定环境中所有微生物基因组的总和，包括细菌、病毒、古生菌和真菌等。微生物组学分析则是对这些微生物群落进行系统性的研究，主要方法包括16S rRNA基因测序、宏基因组测序和代谢组学分析等。这些方法能够揭示微生物的种类、丰度、功能和相互作用，为理解微生物群落的复杂性和多样性提供了有力工具。
16S rRNA基因测序
16S rRNA基因存在于所有细菌和古菌中，因其保守区和可变区的存在，成为细菌分类和鉴定的理想标志物。通过PCR扩增和下一代测序技术，可以分析细菌和古菌的群落结构。
18S rRNA基因测序
18S rRNA基因是真核生物中的核糖体小亚基rRNA编码DNA，含有保守区和可变区，用于分析真核微生物的群落结构。
ITS扩增子测序
ITS（Internal Transcribed Spacer）是真核生物中位于18S和28S rRNA之间的转录间隔序列。ITS序列进化速度快，具有广泛的序列多态性，适用于真菌在种和亚种水平上的分类鉴定。
16S、18S和ITS测序技术都是根据研究目标来确定的，在湿实验方面的操作我不清楚，在生物信息下机数据的下游分析方面有着百分之九十以上的相似度。所以一般都会称之为“微生物扩增子分析”
下面将以“16S-V3V4区域”扩增测序分析为例，简单介绍一套微生物扩增子分析流程。（这里只介绍相对定量分析及思路。绝对定量分析以及细致的分析脚本编写这里不能介绍）
流程思路
下机数据一般都是二代测序的2*250的fastq格式reads数据（因为目标区域的原因，一般只有2*250的长度才能够把区域测通，完成覆盖）。
按照我的理解，把整套流程分成四个模块去理解学习
- 质控、OTU/ASV丰度表&fasta文件的获取
- 物种注释
- 注释后的丰度表过滤（包含宿主过滤、指定物种过滤等）
- 多样性分析（包括前期的分组信息准备、拆分OTU子表、OTU抽平。 群落结构分析、alpha多样性分析、beta多样性分析、env相关性分析、function_prediction分析）
本流程重点使用的软件有：qiime2、flash2、blast、blastp、blastn、R、lefse………
（此流程的详细内容会涉及较多的保密算法部分，只能介绍这些思路部分，详细介绍从网上寻找开源课程介绍）